1998年3月，国家烟草专卖局明确提出了第一个专卖店管理“三年分阶段总体目标”。其第三个总体目标是在三年内淘汰和取缔计划外卷烟厂，并规定所有烟草专卖局必须有计划并实施这些计划。7月，国务院办公厅在其《有关调节烟叶和卷烟价钱及税收优惠政策的通知公告》号文件中，再次强调要依法坚决取缔非法卷烟厂。重庆直辖市成立后，原来属于四川的石柱、彭水、无锡、吴桥四个计划外卷烟厂全部划归重庆。重庆已经成为计划外卷烟厂的“主要种植者”，关闭和整顿卷烟厂的日常任务非常繁重。在市人民政府的全力支持下，重庆市烟草专卖局全力投入关停重组计划外卷烟厂的运作。经过坚持不懈的努力和许多困难
1992年1月1日，《烟草专卖店法》宣布，擅自设立卷烟厂生产卷烟属违纪行为，进一步加大了关闭计划外卷烟厂整顿的力度。然而，由于所有现有的计划外卷烟厂都是“硬骨头”，停产整顿面临巨大的工作压力，是一项长期的行动。
1999年10月，国家烟草专卖局发布《有关加强制造行业內部专卖店管理方法进一步加强假冒伪劣打私及其严厉打击不法生产制造卷烟工作建议》，仍然关注完全关闭计划外卷烟厂的难题，明确提出对尚未关闭的省份一再延期，终止其合理合法卷烟生产企业的技术改造项目，减少第二年卷烟生产计划，并取消和销毁其所有商品。国家烟草专卖局相信，在进入新时代之前，它将彻底解决关闭计划外卷烟厂的难题。在2000年明确提出的“三年分阶段总体目标”的第二个专卖店管理办法中，第一个分阶段总体目标将是在原有基础上依法取缔计划外卷烟厂。当时，山西、贵州和山东三省仍有三家计划外卷烟厂，尽管总数很少且困难重重。国家烟草专卖局采取了一系列具体措施：1 .给三个省委写信，敦促他们采取有效措施，按时关闭计划外的卷烟厂；2.与国务院办公厅计划单位联合下发文件，根据上一年度3家计划外卷烟厂的产量，下达全省卷烟生产计划；3.成立协调小组，开展关停计划外卷烟厂和其他项目前期的相关协调工作。在山西、贵州、黑龙江三省政府的申请下，三省烟草专卖局努力解决地方政府的经济发展权益和人员安置难题。然而，当烟草工厂的机器设备被查封和解决时，烟草专卖商店的员工仍然被欧洲封锁甚至殴打。可以说，烟草专卖商店员工的血汗已经获得了全国无计划烟草工厂的提前关闭整顿，消除了烟草制造业持续、稳定、健康发展趋势的更大威胁。贵州省、黑龙江省和山西省的三家计划外卷烟厂分别于2000年4月、6月和7月关闭。结果，困扰烟草制造业20多年的无计划卷烟厂问题完全消除，三代相关工人的不懈努力终于开花结果。(结束)
按照《烟草专卖店法》的要求，国家烟草专卖局向计划外卷烟厂所在城市的陕西、山西、四川、湖北等省市的省级委员会发函，明确提出了关停整顿计划外卷烟厂有关问题的建议：一是不得持续新建卷烟厂；第二，必须关闭和整顿计划外的卷烟厂；第三，计划外卷烟厂的商品不得试销。关于保护贵州无计划的凯里烟厂这一难题，国家烟草专卖局在给中国国家烟草专卖局的报告中也确认了抵制提案。到1992年底，仍有少数计划外卷烟厂没有关闭整顿。例如，1993年1月，国务院办公厅发布了《有关进一步加强烟草专卖店管理方法的通告》号文件，该文件严格禁止各种客户建立新的卷烟厂，包括合资卷烟厂(生产车间)，坦率地说，禁止“出口型”卷烟厂。所有未经许可的卷烟厂都被依法取缔。在建卷烟厂或计划外卷烟厂未关闭整改的，终止该省合理合法卷烟厂的技术改造项目，并扣减当年生产计划。国家烟草专卖局还再次致函四川、山西、广东等相关省市人民政府和省烟草专卖局，严格执行国家烟草专卖局的一贯观点和思路：计划外烟草工厂必须关闭整改，关闭整改的计划外烟草工厂不能修复生产或建设。同年9月，国家烟草专卖局再次发布《有关禁止以各种各样方式为计划外烟厂出示生产制造、运营标准的通告》，严格执行所有烟草企业和合理合法的卷烟厂不得以任何方式申请计划外卷烟厂。芮城卷烟厂是山西省一家计划外卷烟厂。建厂时，从社会发展中筹集了5700多万元。其税收收入占全县财政总收入的近一半，停业整顿存在较大摩擦。为了彻底解决芮城烟厂的难题，国家烟草专卖局局长和有关部门负责人千里迢迢来到金，了解芮城烟厂的情况。
1997年7月，国务院办公厅批准《烟草专卖店法条例全文》，重新确立了国家对烟草专卖品生产制造的垄断和统一管理办法。它还提出了要求，香烟和雪茄制造没有许可证，应由烟草专卖店的管理部门销毁。
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